开元寺最有名的是它的双塔，耸立于拜亭两侧的广场中，相距约200米，东西对峙，巍峨壮观。登塔极目，海色峰岚尽在眼底。其东为“镇国塔”，西为“仁寿塔”，高40多米，是我国最高的一对石塔。塔每层的门龛两旁有武士、天王、金刚、罗汉等浮雕像。双塔历经风雨侵袭，仍屹然挺立，是泉州古城的独特标志和象征，也是中国古代石构建筑的瑰宝。开元寺拜亭前大石庭，是个“凡草不生”的拜庭，供古今官民朝拜和活动。每逢农历二十六日，这里人山人海，梵呗声声，一派泉南佛国景象。

　　天王殿，也就是开元寺的山门。它始建于唐武则天垂拱三年（公元 687年），后已经过多次火灾烧毁与重建，现存的建筑是民国十四年（公元1925年）修建的。天王殿的石柱：上下端略细，中部较粗，呈梭子状，学名梭柱，据考证为唐朝的石柱风格。石柱上还悬挂有南宋大理学家朱熹所撰，由近代高僧弘一法师所写的木制对联“此地古称佛国，满街都是圣人”，是泉州这个具有浓厚宗教文化色彩的古城风貌的真实写照。分坐在天王殿两旁的是按佛教密宗规制所配置的密迹金刚与梵王。它们怒目挺胸，极其威严，与一般寺庙所雕塑的四大金刚有较大差别，有人谑称它们为“哼哈二将”。

　　中轴线上的主体建筑，就是大雄宝殿。因传说建殿之时有紫云盖地，所以又叫紫云大殿。大殿上方这块巨匾写有“桑莲法界”四个魏碑风格的大字，用来响应桑开白莲之说。这座大雄宝殿始建于唐朝垂拱二年（公元686年），先后经过几次受灾与重建，现存建筑物是明代崇祯十年（公元1637年）遗物。大殿通高20米，面宽九间，进深六间，面积达1387.75平方米，大殿出拱深远，外观雄浑，保存唐朝宏模巨制、巍峨壮观的建筑风格。

　　大雄宝殿还有一个“百柱殿”的雅称，这是因为全殿原计划设立柱子一百根，后来因为需要放置佛像和腾出给佛教徒朝拜的地方，便加长了珩梁，减少了立柱，成为86根柱子的“百柱殿”。

　　百柱殿的后侧西边，是据说开过白莲花的千年老桑树，即“桑蓬古迹”。看到它老态龙钟的样子，大家都相信它已有一千多岁高龄了，至于其是否开过白莲花也就大多不去追究了。不过，在老桑树下却立有一块古老的石碑，言之凿凿，似乎确有其事。在 1925年的一次雷雨中，老桑树被雷电一劈为三，其中一技坠落在地上，于是僧人们将其用一块花岗岩托起，并镌一对联“此对生莲垂拱二年，支令勿坏以全其天“，老桑树果然奇迹般地存活了下来，并且更加枝繁叶茂，青春焕发。如今，“三树同根”的老桑树犹如一朵盛开的花朵，向着北、东、南三个方向延伸开去，一年四季，郁郁青青。

　　藏经阁，又有“百宝楼”之称位于甘露戒坛之后。  为寺内中轴线建筑群之终点及最高点。  此地原为法堂，元代至元二十二年（公元1285年），僧录刘鉴义始建。